Der Wahlunterricht kann von der Schule in eigener Entscheidung gestaltet werden, soweit dies das Stundenbudget zulässt. Die Wahl der Fächer durch die Schülerinnen und Schüler ist freiwillig.
Folgender Wahlunterricht wird – je nach Nachfrage und Stundenausstattung - am Wirsberg-Gymnasium (z. T. auch schulübergreifend in Kooperation mit anderen Würzburger Gymnasien) angeboten: